申告税額の計算の基礎となる前計算期間の「月数」は、暦に従って計算し、１月に満たない端数を生じたときは、これを１月とする（法法82の８②)。
特定信託中間申告害を提出した内国法人は、その申告書に記載した事項（法法82の８①１）に掲げる金額（納付すべき法人税額）があるときは、その申告書の提出期限までに、その法人税を国に納付しなければならない（法法82の１１)。
特定信託中間申告書を提出すべき内国法人がその特定信託中間申告書をその提出期限までに提出しなかった場合、その内国法人については、その提出期限において、税務署長に対し前期の実績に基づいた法人税額控除等を記載した特定信託中間申告書の提出があったものとみなして、法人税法の規定が適用される（法法82の９)。
（１）特定信託確定申告書の提出特定信託の受託者である内国法人は、各特定信託の各計算期間終了の日の翌日から２月以内に、当該特定信託の決算に基づき、次に掲げる事項を記載した申告書を税務署長に提出しなければならない(法法82の10①)。
この規定による申告書を「特定信託確定申告書」という（法法２三十一の三)。
①蔓期闇の課税標準で冒ある所得の金｣額又は欠損金の所得の金需舗額の計算の規定大蔵省令では、次の事項が定められる予定である。
内国法人の通常の確定申告の場合と異なり、信託には「確定した決算」という概念がない。
そのため、確定申告書の提出期限の延長（法法75）及び確定申告書の提出期限の延長の特例（法法75の２）に相当する規定は置かれていない。
災害等により提出期限内に「特定信託確定申告書」の提出ができない場合には、別途、国税通則法の規定によりその期限が延長される。
特定信託確定申告書には、当該計算期間に係る貸借対照表、損益計算書その他大蔵省令で定める書類を添付しなければならない。
なお、大蔵省令では、当該計算期間の損益金の処分表、勘定科目内訳明細書などの書類が定められる予定である。
（２）特定信託に係る確定申告による納付と還付特定信託確定申告書を提出した内国法人は、その申告書に記載した法人税法82条の十第１項第２号に掲げる金額（同項第４号の規定に該当する場合（すなわち、特定信託中間申告書を提出した場合）には、同号に掲げる金額）があるときは、当該申告害の提出期限までに、当該金額に相当する法人税を国に納付しなければならない（法法82の１２)。
その申告書に特定信託に係る所得税額控除及び外国税額控除の控除不足額（法法82の１０①三に掲げる金額）の記載があるときは、税務署長は、その申告書を提出した内国法人に対し、当該金額に相当する税額が還付される(法法82の１３①)。
この場合、還付金について還付加算金を計算する場合のその計算の基礎となる期間などについては、所得税額等の還付（法法79②ないし④）の規定が準用される（法法82の１３②)。
（３）特定信託に係る中間納付額の還付特定信託中間申告書を提出した内国法人からその特定信託中間申告書に係る計算期間の特定信託確定申告書の提出があった場合において、その特定信託確定申告書に中間納付額の控除不足額（法法82の10①五）の記載があるとき、すなわち、中間納付額がその特定信託確定申告書について計算した法人税額を超える場合のその超える金額が記載されているとき、税務署長は、その内国法人に対し、その超過する金額に相当する中間納付額が還付される（法法82の１４①)。
なお、上記の中間納付額を還付する場合において、その中間納付額について納付された延滞税があるときは、その額のうち、その還付される中間納付額に対応するものとして政令で定めるところにより計算した金額が併せて還付される（法法82の１４②)。
政令では、中間納付額に係る延滞税の還付金額（法令155①）の規定と同様の規定が定められる予定である。
還付金については、還付加算金を計算する場合のその計算の基礎となる期間などについては、中間納付額の還付（法法80③～⑥）の規定が準用される（法法８２の１４③)。
（４）確定申告に係る更正による所得税額等の還付内国法人の提出した特定信託確定申告書に係る法人税につき更正があった場合において、その更正により所得税額等の控除不足額（法法82条の１０①三）が増加したとき（すなわち、控除すべき所得税額が増加して控除しきれないこととなった場合又は還付すべき金額が増加した場合)、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する税額が還付される（法法134の３①)。
還付金について還付加算金を計算する場合のその計算の基礎となる期間などについては、確定申告に係る更正による所得税額等の還付（法法133②から④）の規定が準用される（法法134の３②)。
（５）特定信託の確定申告に係る更正又は決定による中間納付額の還付特定信託中間申告書を提出した内国法人のその特定信託中間申告書に係る計算期間の法人税につき決定があった場合において、その決定に係る「中間納付額の控除不足額（法法82の１０①五)」に掲げる金額があるときには、税務署長は、その内国法人に対し、当該金額に相当する中間納付額を還付する（法法134の４①)。
特定信託中間申告害を提出した内国法人のその特定信託中間申告書に係る計算期間の法人税につき更正があった場合において、その更正により法人税法第82条の１０第１項第５号に掲げる金額が増加したときは、その内国法人に対し、その増加した部分の金額に相当する中間納付額が還付される（法法134の４②)。
特定信託に係る青色申告の適用（１）青色申告の承認の申請青色申告の対象となる申告書の範囲に特定信託の申告書が加えられ、特定信託の受託者である内国法人は、各特定信託について、納税地の所轄税務署長の承認を受けた場合には、①特定信託中間申告書、②特定信託確定申告書及びこれらの申告書に係る修正申告書を青色の申告書により提出することができる（法法121②)。
この場合、「各特定信託について」と規定されているため、その承認は、各特定信託ごとに行われ、青色申告の取消しや取りやめについても各特定信託ごとに行われる。
なお、特定信託中間申告書、特定信託確定申告害について青色申告の承認を受けようとする内国法人は、計算期間開始の日の前日までに、「その特定信託の名称｣、「計算期間開始の日」その他大蔵省令で定める事項を記載した申請書を所轄税務署長に提出しなければならない（法法122③)。
青色申告の承認申請の提出期限の特例特定信託の青色申告害の承認の申請書は、上記のとおりその「計算期間開始の日の前日」までに提出しなければならないが、その計算期間が次に掲げる計算期間に該当する場合には、その申請書の提出期限につき次のとおり例外が認められている（法法122④)。
特定信託の契約（一の約款に基づき複数の信託契約が締結される特定信託の場合には、その最初の契約の締結の日の属する計算期間（ロにおいて「第一計算期間」という｡）。同日以後３月を経過した日と当該計算期間終了の日のうちいずれか早い日の前日が、その提出期限である。
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